Kapiler elektroforez tekniği, kromatografik tekniklerin alt grubunda değerlendirilmekle birlikte, ondan daha farklı ayırma ilkesine dayanan bir analitik tekniktir. Kapiler elektroforez tekniği kullanılırken kromatografide kullanılan dolgulu çelik kolonlar yerine özel camdan yapılmış ve ona esneklik sağlayan bir polimer ile kaplanmış olan kolonlar kullanılır. Ayırma gücü ise kromatografide kullanılan hareketli faz çözeltileri yerine uygulanan elektrik potansiyelidir. Kapiler elektroforez tekniği ile kromatografik teknikler kullanılarak başarılan pek çok analiz yapılabilmektedir. Detaylarda inceleme yapıldığında kapiler elektroforez tekniğinin pek çok yönde kromatografik tekniklere göre üstünlükleri vardır. Bu tekniğin en büyük dezavantajı ise çoklu örnek analizlerinde kromatografik tekniklerin sağladığı basitlikte süreci sağlayamamasıdır.